Koska libertarismi pohjautuu ajatukselle lain ylittävistä yksilön oikeuksista, se periaatteessa sallii puolustautumisen väärältä lailta. Niinpä itsepuolustus on teoriassa oikeutettua kaikkia niitä vastaan jotka yrittävät ylläpitää väärää lakia. Samoin libertarismi sallii avunannon itsepuolustuksessa, koska kyseessä on pohjimmiltaan vain tavallinen vapaaehtoinen, taloudellinen vuorovaikutus. Niinpä laajamittainenkaan aseellinen puolustautuminen huonosti käyttäytyvää julkista valtaa vastaan ei ole libertarismissa poissuljettua. Käytännössä ani harvat libertaarit kuitenkaan menevät näin pitkälle, koska yleensä puolustautumisesta seuraa vain lisää hankaluuksia.
Libertaarit kuitenkin joutuvat teoreettisiin hankaluuksiin kun kysytään onko puolustautuminen väärältä poliittiselta järjestelmältä kokonaisuutena oikeutettua. Tämähän tarkoittaisi vähintäänkin aseellista kansannousua, ja yleensä myös sivullisia, viattomia uhreja. Perinteinen liberalismikin jakautuu tässä kysymyksessä kahtia. Klassinen liberalismi pitää kansannousua pohjimmiltaan oikeutettuna, mikä näkyy monien klassisten liberaalien kirjoituksista ja erityisesti Yhdysvaltain perustuslakiin sisällytetystä aseenkantooikeudesta, jonka ensisijaisena tarkoituksena on turvata kansan mahdollisuus aseelliseen kapinaan mikäli perustuslakia rikotaan tarpeeksi pahasti.
Toisaalta sitten varsinkin liberaalidemokraattinen ja avoimen yhteiskunnan ideaaliin nojaava traditio korostaa rauhallisen muutoksen tärkeyttä, ja tuomitsee kansannousut kokonaisuutena. Lisäväriä ongelmaan tuo uudempi libertaari teoriaperinne, joka vie individualismin niin pitkälle ettei se ole valmis hyväksymään lainkaan sivullisia uhreja. Joissakin tapauksessa myös rikokseen kannustaneen vastuu asetetaan kyseenalaiseksi, jolloin ns. Nürmbergin puolustus itse asiassa hyväksytään. Tällöin vain suoraa väkivaltaa käyttänyttä voidaan rangaista, eikä esimerkiksi väkivaltaan yllyttänyttä poliitikkoa tai diktaattoria voida saattaa edesvastuuseen. Erityisen hankalaksi ongelma osoittautuu ulkopuolista sotilaallista apua pyydettäessä—sinänsähän on oikein taistella väärää lakia vastaan esimerkiksi palkka‐armeijan avulla.
Libertaarit jakautuvat aseellisen vastarinnan teorian kohdalla, mutta ovat ylivoimaiselta valtaosaltaan rauhallisen poliittisen vaikuttamisen, sekessionismin ja passiivisen vastarinnan kannalla: historia ei tunne yhtäkään tapausta jossa libertaarit olisivat edes suunnitelleet vallankaappausta tai vastaavaa.